Apotheke gründen oder übernehmen: Welche steuerlichen Fehler Gründer früh vermeiden sollten

Eine Apotheke zu gründen oder wahlweise zu übernehmen ist nur in den Grundzügen mit einer klassischen Unternehmensgründung vergleichbar. Anders als bei den meisten Unternehmen in anderen Branchen gelten für Apotheken gesonderte, strikte Auflagen. Oftmals sind auch die Anfangsinvestitionen höher und pharmazeutisches Fachwissen ist sowieso unabdingbar. Aus steuerlicher Sicht kommen weitere Hürden hinzu, die angehende selbständige Apotheker frühzeitig kennen sollten.

Apotheken als steuerlicher Sonderfall

Trotz der hohen Eintrittsbarrieren in das Apothekengewerbe ist die Versorgung mit Apotheken, so ermittelte es zuletzt der GKV-Spitzenverband, weiterhin als „weitgehend gut“ zu bewerten. Trotzdem, oder gerade deswegen, müssen Gründer wie auch Existenzgründer aber mit einigen Besonderheiten rechnen. So werden Apotheken beispielsweise grundlegend als Gewerbebetriebe, nicht aber als Freiberufler, geführt.

Charakteristisch für Apotheken sind die bereits erwähnten hohen Investitionskosten. Neben den „Klassikern“, wie beispielsweise EDV- und Kassensysteme sowie die Kosten für die Verkaufsräume selbst, werden auch eine umfassende Apothekeneinrichtung sowie Laborausstattung benötigt. Steuerlich ist beides korrekt zu behandeln, als Anlagevermögen mit einer Abschreibung über mehrere Jahre.

Das Warenlager und die fortlaufende Bewertung der Waren sind eine weitere Eigenheit. Apotheken führen unzählige verschiedene Produkte mit konsequent wechselnden Beständen, eigenen Verfallsdaten und Retouren. Deshalb gilt auch eine Inventurpflicht, an die im nächsten Schritt eine korrekte Bewertung des Lagerbestandes geknüpft ist. Im Jahresabschluss ist diese korrekt auszuweisen.

Die Abrechnungssysteme bilden eine weitere Herausforderung. Es gibt nämlich nicht nur verschiedene Kunden, sondern zugleich unterschiedliche Kundengruppen. Das sind einerseits die gesetzlichen Krankenkassen, andererseits die privaten Krankenversicherer sowie zuletzt noch die Selbstzahler, die ihr Medikament also aus eigener Tasche und mitunter ohne Rezept erwerben. Der Umgang mit den Krankenversicherern führt zu zeitversetzten Abrechnungen und die wiederum zu variierenden Zahlungsflüssen. Das wirkt sich zwangsläufig auf die Liquiditätsplanung der Apotheken ebenso wie auf ihre Umsatzverbuchung und die steuerliche Gewinnermittlung aus.

Klassische Fehlerquellen und Stolpersteine bei der Gründung oder Übernahme der Apotheke

Wer sich im Apothekengewerbe selbstständig machen möchte, plant am besten im Detail statt nur grob. Denn die wirtschaftliche Lage im Apothekengewerbe galt zuletzt als angespannt. Für den 23. März 2026 wurde deshalb ein Protesttag angekündigt, an dem sich viele Apotheken und ihre Mitarbeitenden nach aktuellem Stand beteiligen werden.

Der Fokus muss natürlich auf der Finanzierung und Liquidität liegen, ein Tunnelblick sollte sich dabei aber nicht entwickeln. Wichtig ist zugleich, die Investitionen sinnvoll zu strukturieren, denn aus steuerlicher Sicht ergeben sich dabei einige Gestaltungsspielräume. Nicht nur dabei, sondern auch im Hinblick auf die steuerliche Ausgestaltung kann eine Steuerberatung für Apotheken den Neugründern unter die Arme greifen. Derartige Steuerberatungen sind speziell auf das Apothekengewerbe spezialisiert und kennen daher die einzelnen Fallstricke, Besonderheiten und regulatorischen Vorgaben.

Wird eine Apotheke gekauft, ist auch die korrekte Aufteilung des Kaufpreises zu berücksichtigen. Der Kaufpreis selbst ist nämlich keine homogene Einheit, sondern setzt sich aus unterschiedlichen Teilen zusammen, darunter beispielsweise dem aktuellen Warenlager, der Einrichtung und Ausstattung der Apotheke sowie weiteren immateriellen Werten. Letztere sind zum Beispiel ein über viele Jahre aufgebauter treuer Kundenstamm oder eine besonders gute Lage.

Sowohl die Buchhaltung als auch die Kassenführung sollten vom ersten Moment an mit professioneller Unterstützung aufgesetzt werden. Elektronische Kassensysteme sind natürlich essentiell, denn Apotheken unterstehen strikten Dokumentationspflichten. Nur wenn alle Unterlagen vollzählig vorhanden sind und entsprechend den geltenden Fristen aufbewahrt werden, erleichtert diese saubere Ordnung später auch die Erstellung von Jahresabschlüssen, betriebswirtschaftlichen Auswertungen und Betriebsprüfungen.

Hierbei ist ergänzend die Rechtsform zu berücksichtigen. Die regulatorischen Vorgaben dazu befinden sich im Apothekengesetz. Demnach können mehrere Personen eine Apotheke als rechtsfähige GbR oder OHG betreiben. Jeder Gesellschafter benötigt die verpflichtende Erlaubnis. Grundsätzlich sind eine Hauptapotheke sowie bis zu drei Filialapotheken zulässig. Die Rechtsform wirkt sich maßgeblich auf die übernommene Haftung und das persönliche Risiko des Apothekers aus. Auch die Gewinnverteilung und Steuerbelastung werden davon beeinflusst.

Professionelle Unterstützung durch ausgewiesene Fachleute ins Boot holen

Wer schon länger eine Apotheke führt und nun womöglich eine zweite Filiale aufkaufen will, wird sich schon hinlänglich mit vielen Besonderheiten und Eigenheiten des Apothekengewerbes auskennen. Alle, die hingegen erstmals in das Gewerbe eintreten und noch nie vorher eine Apotheke führten, sollten sich unbedingt frühzeitig professionelle Hilfe sichern und zum Beispiel einen Businessplan erstellen. Spezialisierte Steuerberatungen sind für viele Apotheker daher keine Option, sondern ein notwendiges Muss.

Die Fachleute des Steuerrechts unterstützen Apotheker in mehreren Phasen und Etappen, sowohl bei einer Gründung als auch bei einer geplanten Unternehmensübernahme. Sie können vor der Unternehmensgründung beispielsweise bereits das Fundament für die steuerliche Strukturierung legen und Finanzplanung sowie eine Investitionsplanung entwickeln. Bei einer Übernahme analysieren sie unter anderem die vorliegenden Jahresabschlüsse des bisherigen Eigentümers, womöglich nehmen sie auch noch eine Bewertung des Kaufpreises vor. In jedem Fall findet auch hier eine steuerlich vorteilhafte Strukturierung statt.

Werden dann Buchhaltung, Rechnungswesen und Controlling aufgebaut, findet das normalerweise ebenfalls mit Unterstützung solcher Fachleute statt. Das ist auch vorteilhaft, denn die sind es, die sich im weiteren Verlauf um die steuerlichen Angelegenheiten kümmern werden. Da ist es nur sinnvoll, wenn von Beginn an effiziente Strukturen etabliert werden. Im laufenden Geschäftsbetrieb können solche Steuerberatungen später bei der Personalstruktur, betriebswirtschaftlichen Planung und Investitionsentscheidungen hinzugezogen werden. So reduziert sich das Risiko für die zuvor erwähnten Fehler und Stolpersteine auf nachhaltige Weise.